1、電泳介質(zhì)的pH值

溶液的pH值決定帶電物質(zhì)的解離程度，也決定物質(zhì)所帶凈電荷的多少.對(duì)蛋白質(zhì)，氨基酸等類似兩性電解質(zhì)，pH值離等電點(diǎn)越遠(yuǎn)，粒子所帶電荷越多，泳動(dòng)速度越快，反之越慢。因此，當(dāng)分離某一種混合物時(shí)，應(yīng)選擇一種能擴(kuò)大各種蛋白質(zhì)所帶電荷量差別的pH值，以利于各種蛋白質(zhì)的有效分離.為了保證電泳過程中溶液的pH值恒定，必須采用緩沖溶液。

緩沖液的離子強(qiáng)度

溶液的離子強(qiáng)度（Ion intensity）是指溶液中各離子的摩爾濃度與離子價(jià)數(shù)平方的積的總和的1/2.帶電顆粒的遷移率與離子強(qiáng)度的平方根成反比。低離子強(qiáng)度時(shí)，遷移率快，但離子強(qiáng)度過低，緩沖液的緩沖容量小，不易維持pH恒定.高離子強(qiáng)度時(shí)，遷移率慢，但電泳譜帶要比低離子強(qiáng)度時(shí)細(xì)窄。通常溶液的離子強(qiáng)度在0.02～0.2之間。

I=1/2∑CiZi2 (I：離子強(qiáng)度；Ci：離子的摩爾濃度；Zi：離子價(jià)數(shù). )

0.154M NaCl溶液的離子強(qiáng)度為：

I= 1/2(0.154×12+0.154×12)=0.154

0.015M Na2SO4溶液的離子強(qiáng)度為：

I= 1/2(0.015×2×12+0.015×22)=0.045

3、電場強(qiáng)度

電場強(qiáng)度（電勢梯度Electric field intensity）是指每厘米的電位降(電位差或電位梯度）.電場強(qiáng)度對(duì)電泳速度起著正比作用，電場強(qiáng)度越高，帶電顆粒移動(dòng)速度越快。根據(jù)實(shí)驗(yàn)的需要，電泳可分為兩種：一種是高壓電泳，所用電壓在500～1000V或更高.由于電壓高，電泳時(shí)間短（有的樣品需數(shù)分鐘），適用于低分子化合物的分離，如氨基酸，無機(jī)離子，包括部分聚焦電泳分離及序列電泳的分離等。因電壓高，產(chǎn)熱量大，必須裝有冷卻裝置，否則熱量可引起蛋白質(zhì)等物質(zhì)的變性而不能分離，還因發(fā)熱引起緩沖液中水分蒸發(fā)過多，使支持物（濾紙，薄膜或凝膠等）上離子強(qiáng)度增加，以及引起虹吸現(xiàn)象（電泳槽內(nèi)液被吸到支持物上）等，都會(huì)影響物質(zhì)的分離.另一種為常壓電泳，產(chǎn)熱量小，室溫在10～25℃分離蛋白質(zhì)標(biāo)本是不被破壞的，無需冷卻裝置，一般分離時(shí)間長。

4、電滲現(xiàn)象

在電場中液體對(duì)于一個(gè)固體的固定相相對(duì)移動(dòng)稱為電滲.在有載體的電泳中，影響電泳移動(dòng)的一個(gè)重要因素是電滲。最常遇到的情況是γ-球蛋白，由原點(diǎn)向負(fù)極移動(dòng)，這就是電滲作用所引起的倒移現(xiàn)象.產(chǎn)生電滲現(xiàn)象的原因是載體中常含有可電離的基團(tuán)，如濾紙中含有羥基而帶負(fù)電荷，與濾紙相接觸的水溶液帶正電荷，液體便向負(fù)極移動(dòng)。由于電滲現(xiàn)象往往與電泳同時(shí)存在，所以帶電粒子的移動(dòng)距離也受電滲影響；如電泳方向與電滲相反，則實(shí)際電泳的距離等于電泳距離加上電滲的距離.瓊脂中含有瓊脂果膠，，其中含有較多的硫酸根，所以在瓊脂電泳時(shí)電滲現(xiàn)象很明顯，許多球蛋白均向負(fù)極移動(dòng)。除去了瓊脂果膠后的瓊脂糖用作凝膠電泳時(shí)，電滲大為減弱.電滲所造成的移動(dòng)距離可用不帶電的有色染料或有色葡聚糖點(diǎn)在支持物的中心，以觀察電滲的方向和距離。